Construite entre 1949 et 1953, l’église Saint-Thomas que l’on peut apercevoir aujourd’hui est en quelque sorte la sixième église de la paroisse et la cinquième à être érigée sur ce site. Rappelons que la première église de la paroisse Saint-Thomas a été élevée au début du XVIIIe siècle à la Pointe-à-la-Caille en bordure de l’embouchure de la rivière homonyme. Le monument rappelant la forme de temple a d’ailleurs été érigé avec les pierres de ses murs devant la présente église. Il faut attendre le début des années 1770 pour voir un temple sur les lieux actuels.
Le déménagement du siège de la paroisse ne s’est d’ailleurs pas fait sans heurt. En effet, plusieurs paroissiens installés aux alentours de Pointe-à-la-Caille s’opposent à ce nouveau site qu’ils considèrent trop éloigné de leurs habitations. Sous la menace d’excommunication de l’évêque Pontbriand, les rebelles se repentent finalement. Parachevé en 1780, le second temple de la paroisse subit plusieurs modifications en 1821. Le cimetière, quant à lui, est aménagé sur le terrain adjacent à l’église au Nord. Il sera déplacé une première fois 1870 puis une seconde fois sur son site actuel en 1902.
En 1898, l’architecte Georges-Émile Tanguay agrandie considérablement le temple et lui donne une façade de style palladien avec un large fronton et des colonnes. L’ensemble est monumental et d’autres rénovations y sont apportées en 1922. L’architecte Pierre Lévesque construit alors une façade avec deux tours très massives. Malheureusement, ce temple sera la proie des flammes le 31 octobre 1948.
Ironie du sort, la destruction du l’église St-Thomas concorde avec le début des pourparler sur la légitimité de créer un nouveau diocèse sur la Côte-du-Sud. Ce n’est donc pas un hasard si l’architecte Albert Leclerc, donne des allures de cathédrale au nouveau temple à construire. C’est finalement la paroisse de Ste-Anne-de-la-Pocatière qui recevra le siège du nouveau diocèse en 1851.
De façon générale, l’église St-Thomas répond aux caractéristiques communes du style Néogothique. Son carillon de quatre cloches est surmonté par une longue flèche qui domine le paysage. Toutefois, la diversité des volumes de ses ouvertures symbolisant la forme d’ogive, ses murs en pierre de granit taillée, son toit en cuivre, ses portes ornées de scènes religieuses en cuivre repoussé lui confèrent une allure qui donnera le ton aux églises modernes.